കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കന്മാരുടെ കുടുംബം ആദ്യം കൊച്ചിയിലും, പോര്‍ട്ടുഗീസുകാര്‍ അവിടെ എത്തിയശേഷം പൊന്നാനിയിലേയ്ക്കും പോയതായി പറയുന്നു. കടല്‍ കച്ചവടക്കാരായിരുന്ന ഇവര്‍ സാഹസികരായിരുന്നു. സാമൂതിരി ഇവരുടെ സേവനം പ്രയോജനപ്പെടുത്തി നാവികപ്പടയുടെ നായകന്മാരാക്കി. ഈ കുടുംബത്തിലെ പ്രശസ്തനായിരുന്നു കുട്ടി ആലി. അദ്ദേഹം പോര്‍ട്ടുഗീസുകാരുടെ മേധാവിത്വം തകര്‍ക്കാന്‍ കടലില്‍ നിരന്തരം ശ്രമിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. ക്രമേണ കുട്ടി ആലി പോര്‍ട്ടുഗീസുകാരുടെ പേടിസ്വപ്നമായി മാറി.
1528ല്‍ പോര്‍ട്ടുഗീസുകാര്‍, കുട്ടി ആലിയെ തടവിലാക്കി. ഇതേത്തുടര്‍ന്ന് കുട്ടി ആലിയുടെ മകന്‍ കുഞ്ഞാലി രണ്ടാമന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ നാവികപ്പട പുനഃസംഘടിപ്പിച്ചു. കുട്ടി ആലിയെക്കാള്‍ കനത്ത ആക്രമണമാണ് കുഞ്ഞാലി രണ്ടാമന്‍ പോര്‍ട്ടുഗീസുകാര്‍ക്ക് നേരെ അഴിച്ചുവിട്ടത്. കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമന്റെ കാലത്തും മരയ്ക്കാര്‍ നാവികപ്പട പോര്‍ട്ടുഗീസുകാര്‍ക്ക് കനത്ത നാശനഷ്ടം ഉണ്ടാക്കിക്കൊണ്ടിരുന്നു.
കുഞ്ഞാലി നാലാമന്റെ കാലത്ത് സാമൂതിരിയും കുഞ്ഞാലിയും തമ്മിലുണ്ടായ അഭിപ്രായവ്യത്യാസത്തെ മുതലെടുത്ത് പോര്‍ട്ടുഗീസുകാര്‍ പുതിയ തന്ത്രങ്ങള്‍ മെനഞ്ഞു. 1600ല്‍ സാമൂതിരി വന്‍പടയോടെ കുഞ്ഞാലിയുടെ കോട്ട ആക്രമിച്ചു. പോര്‍ട്ടുഗീസ് സേന സാമൂതിരിയെ രഹസ്യമായി സഹായിച്ചു. കുഞ്ഞാലിയുടെ നില പരുങ്ങലിലായി. അദ്ദേഹം സാമൂതിരിയോട് മാപ്പ് അപേക്ഷിച്ചു. കീഴടങ്ങിയ കുഞ്ഞാലിയെ സാമൂതിരി ചതിയിലൂടെ പോര്‍ട്ടുഗീസുകാരെ ഏല്പിച്ചു. അവര്‍ കുഞ്ഞാലി നാലാമനെ തടവുകാരനാക്കി ഗോവയിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുപോയി വധിച്ചു. മലബാറിലെ ആളുകളെ ഭയപ്പെടുത്താന്‍ കുഞ്ഞാലിയുടെ തല ഉപ്പിലിട്ട് പിന്നീട് കണ്ണൂരില്‍ കൊണ്ടുവന്നു പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ചു.
