1503-ൽ പോർട്ടുഗീസുകാർ നിർമ്മിച്ച കോട്ടയാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോട്ട. കോട്ടപ്പുറം എന്ന സ്ഥലത്താണിത്. കൊച്ചിയിൽ പോർച്ചുഗീസ്‌ മേധാവിത്വത്തിന്റെ മുന്നു നെടും തൂണുകളിലൊന്നാണിത്‌. മറ്റു രണ്ടെണ്ണം 1503-ൽ നിർമിച്ച ഇമ്മാനുമൽ കോട്ടയും, 1507-ലെ പള്ളിപ്പുറം കോട്ടയും (അയീകോട്ട) ആണ്‌.
പോർച്ചുഗീസുകാർ കര-കടൽ മൂലമുള്ള ആക്രമണങ്ങളെ സമർത്ഥമായി ചെറുക്കാൻ സാധ്യമായ സ്ഥലത്താണ്‌ ഇത്‌ നിർമ്മിച്ചത്‌. നിർത്തലാക്കിയ കോട്ടപ്പുറം ജെട്ടിക്ക്‌ അൽപം കിഴക്കായി കൃഷ്ണങ്കോട്ടയുടെ പടിഞ്ഞാറായി ഒരു കോണിലാണ്‌ ഇതിന്റെ സ്ഥാനം.
ഒരു ചെറിയ കുന്നിൻ പുറം ഉൾപ്പെടുന്ന തരത്തിലാണ്‌ ഇതിന്റെ നിർമ്മാണം. അകത്ത്‌ കൊത്തളങ്ങളും വെടിക്കോപ്പുശാലയും ഉണ്ട്‌. പോർച്ചുഗീസ്‌ കോട്ടകളിൽ വച്ച്‌ അതി ബലിഷ്ഠവും അജയ്യവുമായിരുന്നു ഈ കോട്ട. ഉർബാനോ ഫിയാൽഹൊ ഫെറീറ എന്ന ഉദ്യോഗസ്ഥന്റെ കീഴിലായിരുന്നു കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോട്ട.
ബറ്റേവിയയിലെ ആസ്ഥാനത്തു നിന്നും കോട്ട പിടിക്കാനുള്ള കൽപ്പന ലഭിച്ച ഡച്ചുകാർ കൊല്ലത്തു നിന്ന് കൊടുങ്ങല്ലൂരിലേയ്ക്ക്‌ വന്നു. എന്നാൽ കൊച്ചീ രാജാവ്‌ പാലിയത്തച്ചന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ 400 നായർ പടയാളികളോടൊപ്പം കോട്ടയിൽ തമ്പടിച്ചിരുന്നു. ഡച്ചുകാർക്ക്‌ സാമൂതിരി സഹായം ഉണ്ടായിരുന്നു.
ഡച്ചുകാർ കര-കടൽ മാർഗ്ഗങ്ങൾ ഉപരോധിച്ചു, കോട്ടയ്ക്കടുത്തായി ഒരു തുരങ്കം നിർമ്മിക്കാനാരംഭിച്ചു. എന്നാൽ പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ പീരങ്കിക്കു മുന്നിൽ അവർക്ക്‌ പിടിച്ചു നിൽക്കാനായില്ല. ഡച്ചുകാർ സന്ധിക്കപേക്ഷിച്ചെങ്കിലും ഫിയാൽഹോ ആക്രമണം കൂറ്റുതൽ ശക്തിപ്പെടുത്തുകയാണ്‌ ചെയ്തത്‌.
എന്നാൽ പാലിയത്തച്ചൻ പോർച്ചുഗീസുകാരെ ഒറ്റിക്കൊടുത്തു. കോട്ടയിൽ നിന്ന് തന്ത്ര പൂർവ്വം പുറത്തു കടന്ന പാലിയത്തച്ചൻ ഡച്ചുകാരെ സന്ധിച്ച്‌ കോട്ടയിൽ എളുപ്പം പ്രവേശിക്കാവുന്ന മാർഗ്ഗം പറഞ്ഞുകൊടുത്തു. 1662 ജനുവരി 15ന്‌ ഡച്ചുകാർ ആക്രമണം പുനരാരംഭിച്ചു. പീരങ്കി കൊണ്ട്‌ കോട്ടയിൽ വിള്ളലുണ്ടാക്കാനും അതു വഴി അകത്തേയ്ക്ക്‌ കയറാനും അവർക്ക്‌ കഴിഞ്ഞു. കോട്ടയുടെ പ്രധാന ഭാഗങ്ങൾ കൈക്കലാക്കിയതോടെ പോർച്ചുഗീസുകാർ തോണികളിൽ കയറി അമ്പഴക്കാട്ടെ സെമിനാരിയിലേക്ക്‌ രക്ഷപ്പെട്ടു. ഫിയാൽഹോയും 200 പോർച്ചുഗീസ്‌ പട്ടാളക്കാരും നൂറോളം നായർ പടയാളികളും കൊല്ലപ്പെട്ടു.
പടപ്പാട്ട്‌ എന്ന മലയാള കാവ്യത്തിൽ ഈ യുദ്ധത്തെക്കുറിച്ച്‌ വിശദമായി പ്രതിപാദിച്ചിരിക്കുന്നു. എന്നാൽ ഇത്‌ എഴുതിയത്‌ ആരെന്ന് അറിയില്ല.
“ ആഴി തന്മദ്ധ്യേമരുവും കൊടുങ്ങല്ലൂർ
ചൂഴെയടുത്തോ രമരാലു* മക്കാലം
വെട്ടുമിടിപോലെ പൊട്ടും വെടിയൊടും
കോട്ടപിടിപ്പാനതു തുടങ്ങിനാർ
കൂട്ടം കലർന്ന പറങ്കിപ്പരിഷയും
കൂട്ടം കൂടി വെടിവച്ചു തുടങ്ങിനാർ”
ഭൂമര സന്ദേശം എന്ന സംസ്കൃത കാവ്യത്തിലും കോട്ടയെ പറ്റിയുള്ള പരാമർശം ഉണ്ട്‌. ടിപ്പുവിന്റെ പടയോട്ടക്കാലത്ത്‌ കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോട്ട പള്ളിപ്പുറം കോട്ടയോടൊപ്പം തിരുവിതാംകൂർ രാജാവ്‌ ഡച്ചുകാരിൽ നിന്ന് വിലയ്ക്കു വാങ്ങി. ഗത്യന്തരമില്ലാതെ ഡച്ചുകാർ വിറ്റു എന്നു പറയാം. അവരെ അത്രയ്ക്ക്‌ സമ്മർദ്ദത്തിലാക്കിയിരുന്നു എന്ന് വേണം പറയാൻ. ദളവാ കേശവ പിള്ളയാണ്‌ ഇത്‌ സാധിച്ചെടുത്തത്‌.
കോട്ടയുടെ ഇപ്പോള്‍ കാണുന്ന തരത്തിലുള്ള അത്രയും പരിതാപകരമായ നാശത്തിന് ഹേതുവായത് ടിപ്പു സുല്‍ത്താന്‍ തന്നെയാണെന്നാണ് ചരിത്രം പറയുന്നത്. 1790 ജനുവരിയിൽ നെടുങ്കോട്ടയിൽ ആദ്യം ഉണ്ടായ ആക്രമണത്തിൽ പരാജയപ്പെട്ട ടിപ്പു സുൽത്താൻ (മുടന്തു സംഭവിച്ച യുദ്ധം എന്ന് ചില ചരിത്രകാരന്മാർ പറയുന്നു) കൂടുതൽ പോഷക സേനകളുമായി അതേ വർഷം ഏപ്രിൽ 15 നു നെടുങ്കോട്ട ആക്രമിച്ച്‌ ആറ്‌ ദിവസം കൊണ്ട്‌ ഒരു കിലോ മീറ്ററോളം നീളത്തിൽ കോട്ട നശിപ്പിക്കുകയും തുടർന്ന് മേയ്‌ 7 ന്‌ കൊടുങ്ങല്ലൂർ കോട്ട പിടിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട്‌ ഒന്നൊന്നായി പള്ളിപ്പുറം, പറവൂര്, കുര്യാപ്പിള്ളി എന്നീ കോട്ടകളും പിടിച്ചു. എന്നാൽ ഇംഗ്ലീഷുകാർ ശ്രീരംഗപട്ടണം ആക്രമിക്കാൻ തയ്യാറെടുക്കുന്നു എന്നറിഞ്ഞ ടിപ്പു സുൽത്താൻ തിരുവിതാംകൂർ ആക്രമണം മതിയാക്കി തിരിച്ചു പോയി. പോകുന്ന വഴിക്ക്‌ കോട്ടയ്ക്ക്‌ വൻ നാശ നഷ്ടങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കാൻ മൈസൂർ സൈന്യം മറന്നില്ല.
